影響次氯酸鈉殺菌作用的因素主要有:
(1)濃度:在pH值、溫度、有機物等不變的情況下有效氯濃度增加，其殺菌作用增強。
(2)pH：pH值對氯在溶液中的殺菌作用影響較大。pH值越高，殺菌作用愈弱，需延長作用時間，反之，pH值低，殺菌作用增強，作用時間短。
(3)溫度:在一定范圍內，溫度升高能增強殺茵作用，此現(xiàn)象在溶液濃度低時較為明顯。
(4)有機物:有機物能消耗有效鼠，降低殺菌能力。
(5)碘或溴:加少澄碘或溴于溶液中，可明顯增強殺菌作用。
(6)氨和氨基化合物:在含有氨和氨基化合物的水.中，游離氯的殺菌作用大大降低。
在使用時需要注意：因有效氯易喪失，故配制溶液前應先測定有效氯、的含量，使用時調整用藥量，使之達到消毒所需濃度。若消毒紡織品、金屬制品等，使用濃度勿過高，浸泡時間不宜過長，消毒后應盡快用清水將殘留藥物沖洗干凈，以防腐蝕漂白。因次氯酸對皮膚有刺激作用，故配制以上兩種藥液時應戴防護口罩、橡膠手套、穿長靴或防護服。若在室內噴灑消毒時，工作人員不要在室內停留過久。藥物應存放在密閉的容器內，置于陰涼、干燥通風處，以減少有效氯的損失和室內氯氣的積聚。
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